Καλημερα,
προσπαθησε να βαλεις το αρχειο sqljdbc.jar στον καταλογο \jre\lib\ext του installation path της Java (jdk χρησιμοποεις;)
πχ. για μενα ειναι
C:\Program Files\Java\jdk1.6.0\jre\lib\ext\
αν μετα θες απλα να το τρεχεις σου αρκει να το βαλεις στον καταλογο \lib\ext του installation path του JRE
π.χ. για μενα ειναι
C:\Program Files\Java\jre1.6.0\lib\ext\
αυτο που σου λεω ειναι στανταρ διαδικασια αν χρησιμοποεις java + MySQL. Με SQL Server 2005 δεν εχω δουλεψει σε συνδιασμο με java αλλα υποθετω οτι ειναι το ιδιο(το πολυ πολυ να χρειαστει να αντιγραψεις και τους φακελους με τα dll-αναφερομαι στους φακελους \auth\ kai \xa\).
δοκιμασε αυτο,αν δουλεψει θα σου πω και πιο πρακτικο τροπο...